В настоящее время Minecraft имеет два режима игры — Классический (англ. Classic) и Бета (англ. Beta, иногда Survival). Дополнительные игровые режимы, такие как Осада Зомби (вариация на тему выживания), Приключение и захват флага, в настоящее время на стадии планирования.
Первоначально игра продавалась с бесплатным пожизненным обновлением. Однако 20 декабря 2010, с переходом в стадию Beta, для новых покупателей этот пункт из лицензии был убран.
Для игры в Классическом режиме (англ. Classic) достаточно скачать клиент игры. Игра происходит прямо в браузере. Нотч сделал этот режим бесплатным и не планирует в дальнейшем его развивать.
В этом режиме игроку даётся ряд заданных блоков, таких как земля, камень, цветные ткани, дерево или металл, и он может строить из них что пожелает и создавать что-то вроде трёхмерного пиксель-арта. В этом игровом режиме нет необходимости собирать ресурсы или защищаться от враждебных существ, и нет угрозы смерти (нельзя, например, утонуть, или разбиться при падении с высоты). Имеет также многопользовательский режим. Игровая карта генерируется сразу. Увеличить её площадь после создания уже нельзя.
В режим Бета могут играть только игроки, купившие игру. Над этим режимом Нотч активно работает[5] и регулярно дорабатывает.
В режиме Бета, как и в Классическом режиме, основной задачей является строительство, но в него также включен ряд дополнительных функций. Такими является наличие враждебных монстров, а также необходимость добывать ресурсы для постройки сооружений и материалы для создания инструментов и оружия для работы и защиты от монстров (мобов). Игровая карта генерируется постепенно: стоит игроку подойти к границе карты, как перед ним сгенерируется новая часть карты.
Из них игроки могут добывать ресурсы. Мобы делятся на два вида по их отношению к игроку: нейтральные и враждебные. В отличие от большинства игр, где мобы независимы от игрока, здесь все мобы существуют только в определённом радиусе от него (в мультиплеере от всех игроков), поэтому, если игрок отойдёт от моба слишком далеко, тот исчезнет. Возможно это сделано для улучшения производительности игры. Вокруг игрока (на некотором отдалении от него) периодически случайно генерируются новые мобы. Враждебные мобы генерируются там где нет источников света. Нейтральные же мобы, наоборот, генерируются там где светло.